"La vie est une reaction chimique"

"Kim gönüllü olmak ister?" Birkaç kişi el kaldırdı. En yakınımda olanı çağırdım. Atletik yapılı, Afrika kökenli bir kız. "Deneye katılmak istediğinden emin misin? Hayat sigortan var mı? " gibi sorularla olayı dramatikleştirmeye çalıştım. Amerikan okullarında, öğretmen alımının son aşamasında, adayın bir örnek ders anlatması istenir. Yöneticilerin de dinleyici olarak katıldığı bu derslerde, konu bazan adaya bırakılır. Öğrencilerin kimya derslerinde bir patlama olmasına bayıldığını bildiğim için seçtiğim "Klinik Kimya" konusunu bir patlamayla bitirmeyi planlamıştım. 4 milyar erglik bir patlama! TRAMPETLER ÇALSIN ! Sınıfın ışığını kısmalarını istedim. Kıza " Sakin ol, şimdi gözlerini kapa, derin bir nefes al, ver" dedim. Sonra ışığı açtırdım. Herkes ne olacak diye beklerken "Tamam, bu kadar" dedim. Hemen, masadaki kapı kadar "Roche Biyokimyasal Reaksiyonlar / Metabolik Yolaklar Tablosu"nu (http://biochemical-pathways.com/#/map/1 ) açıp sınıfa gösterdim. "Arkadaşınız bir nefes alıp verirken vücudunda bu reaksiyonlar oldu ve 4 milyar erg enerji açığa çıktı." diye açıklama yaptım. Gönüllü öğrenciye teşekkür edip yerine yolladım. Aslında nefes başına çıkan enerji 100 kaloridan az! Bir kişi ortalama günde 2500-3000 kilo kalori harcar, 30 bin kere nefes alır. Bazı politikacıların, yapılan yatırım büyük gözüksün diye, eski para birimini kullanması gibi, ben de enerji birimini erg olarak aldım. Nefes başına ~100 kalori, stokiyometrik olarak ta hesaplanabilir (*). SURVİVOR BİYOKİMYA Biyokimya, Tıp Fakültelerinde en zor gelen derslerden biridir. Haftanın kitabı, "Biochemistry: A Student's Survival Guide / Biyokimya: Bir Öğrencinin Hayatta Kalma Kılavuzu" başlığını taşıyor (**). Öğrencilere çalışma taktikleri veren kitapta " Aklınızda tutun, biyokimyayı çok veya az bilmeniz değerli bir insan olma olasılığını değiştirmez. Bu düşünce size biyokimya konusunda yardımcı olmaz ama akıl sağlığınızı korumaya yardımcı olur." gibi eğlenceli öneriler var. Yazar, 1 Metabolik yolağın amacı-işlevi ne? 2 Yolağa giren ve çıkan moleküllerin isimleri. 3 Diğer yolaklarla ilişkisi. 4 Yolağı başlatan veya durduran metabolik olaylar. 5 Yolağın kontrol edildiği, etkilendiği aşamalar. 6 Kontrol eden, etki eden moleküller ve etkinin yönü. 7 . şeklinde devam eden, 22 basamaklı bir "önem" listesi veriyor. Nanjing Üniversitesinden Profesör Rongwu Yang Biyokimya derslerini eğlenceli hale getirmek için yaptıklarını aşağıdaki linkte gösteriyor: http://faobmb.com/wp-content/uploads/2017/01/FAOBMB-Manila_IUBMB-Education-Symposium-talk_Yang.pdf Tıbbi Biyokimyayı öğretme konusunda yayınlanmış bir makalede (https://link.springer.com/content/pdf/10.1007/s40670-014-0004-7.pdf) yazarlar, dört noktaya dikkat çekiyorlar: Biyokimyada yeni konular sunulmalı, tıpla alakalı konular işlenmeli, sınava yönelik bir bilgi yüklemesi olmamalı, kuru ezber en aza inmeli. Amerikan Biyokimya ve Moleküler Biyoloji Derneğinin "Temel Kavramlar ve Öğretme Stratejileri" üzerine yayınladığı öneriler ders planlamada yararlı olabilir : https://www.asbmb.org/education/core-concept-teaching-strategies/foundational-concepts COVİD-19 VE BİYOKİMYA COVID-19 hastalığının bazı yönlerini biyokimyasal temellere inerek ve yeni yayınlarla destekleyerek en iyi açıklayan konuşmalardan biri, Dr. Roger Seheult'un yaptığı, MedCram sitesindeki konuşma: https://youtu.be/Aj2vB_VITXQ Bu arada Cerrahpaşa Tıp Fakültesi'nden devredaşım Dr.Moşe Arditi'nin katılmış olduğu bir çalışmadan bahsetmek istiyorum. Çalışmada SARS-CoV-2 virüsünün çocuklarda sebep olduğu, "Multisystem Inflammatory Syndrome / birçok sistemi tutan yangı sendromu / MIS-C" incelenmiş. Linki: https://doi.org/10.1101/2020.05.21.109272 Çalışmanın ilginç bir yönü bilgisayar üzerinde molekül modelleri ile yapılmış olması. Tıbbi araştırmalarda kimyasal maddelerle deney tüplerinde yapılan çalışmalara "in vitro" (camda), canlı organizmalar üzerinde yapılan deneylere "in vivo" (canlıda) sıfatı verilir. Bilgisayarda molekül modelleri ile yapılan çalışmalara da "in silico" deniyor. Canlıların yapı taşlarından olan protein moleküllerinin üç boyutlu yapıları işlevlerini belirlemekte çok önemlidir. Bu üç boyutlu yapıları tahmin etmek çok karışık bilgisayar uygulamaları gerektiriyor. Bunu bir nevi oyun haline getiren bir site var: www.fold.it Bu konuda da önereceğim bir konuşma: https://youtu.be/zm-3kovWpNQ Dr. Moşe Arditi ve arkadaşları SARS-CoV-2 virüsünün hücrelere bağlandığı çıkıntının, bir tür beyaz küre olan T hücrelerinin bir alıcısına da bağlandığını ve yetişkinlerde de görülen yangıyı arttıran aracı moleküllerin salınmasına ( sitokin fırtınası) sebep olduğunu ileri sürüyorlar. Bu kanıya, çıkıntı proteini (S) ve T hücrelerinin alıcı proteinin birbirine uyduğunu bilgisayar simülasyonunda görerek ulaşmışlar. "La vie est une reaction chimique" Antoine Lavoisier OTOKRİTİK Bir kaç haftadır yeni konular bulmak için kitaplığımdan kura ile bir kitap seçip konusunu güncel olaylara bağlamaya çalışıyorum. Benim için keyifli bir yazma deneyimi, ama bazı konuları bir köşe yazısı formuna uyarlamak oldukça güç oluyor. Amacım biraz ilgi uyandırmak, detaylı bilgi almak isteyenleri de uygun kaynaklara yönlendirmek. O nedenle çok sayıda link veriyorum. Farkında olduğum bu durum, okumayı zorlaştırıyor ve yazıyı dağınık gösteriyor. Her şeye rağmen ilginizin devam edeceğini umuyorum. (*) Bir nefes alıp verişte, zorlanma yokken, ortalama 400 ml hava akciğerlere girip çıkar. Giren havada oksijen % 21, çıkan havada oksijen %16 cıvarındadır. Arada 15 ml oksijen vücutta kalır. 15 ml oksijen 0,037 gram karbonhidrat yakabilir. Bu reaksiyon yaklaşık 150 kalori verir. (**) Gilbert, H.F. Biochemistry A student's Survival Guide. McGraw Hill Publishers.2000.ISBN: 0071356576